La flota pesquera de Isla Cristina está compuesta, en su gran mayoría, por embarcaciones de bajura.
Más de 250 barcos dedicados a la pesca de arrastre (capturan principalmente gambas, cigalas, langostinos, lenguados, pescadillas, acedías, besugos...) y en menor medida a la de cerco (capturan sobre todo sardinas, boquerones y caballas), que entran a puerto diariamente para subastar las capturas de la lonja. Además, hay más de 70 embarcaciones dedicadas a la captura de la chirla, la coquina, la almeja, etc.
Las especies que más se comercializan en la lonja de Isla Cristina són la gamba blanca, la chirla, la cigala, el langostino, el lenguado, la pescadilla, la acedía, el besugo, la sardina, el boquerón, la caballa, la coquina, la navaja, la almeja y el pulpo.
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